Die Forschungsprojekte des Bereiches A widmen sich der Frage, welche Rolle die Variation des Erregergenoms während der Persistenz spielt. Beeinflussen Veränderungen des Genoms im Lauf der Infektion Funktionen des Wirts und des Erregers, und wenn ja, wie?

Die genomische Variabilität über den Verlauf einer chronischen Erkrankung wird am Beispiel von zwei Bakterien und einem Virus beschrieben und ihre funktionellen Auswirkungen werden untersucht. Einzigartige Stammsammlungen oder Patientenkollektive stehen für die Untersuchungen zur Verfügung. Sie stellen ein besonderes Merkmal dieses SFB dar.

Am Beispiel der physiologischen Darmflora werden zudem Bakterienpopulationen untersucht, die eine symbiotische Erregerpersistenz darstellen. Sie stehen in direktem Kontakt mit der Darmschleimwand und spielen deshalb eine wichtige Rolle bei der Homöostase der intestinalen Epithelbarriere spielen. Der in diesem Teilbereich verfolgte gemeinsame Fokus auf bakterielle und virale Populationen und deren Evolution während der Erregerpersistenz ermöglicht Synergien zwischen Bakteriologen und Virologen.